Список сокращений
Введение
Глава 1. Теория ошибок: предпосылки и общая часть
1.1. Актуальность и ограничения теории ошибок
1.1.1. Феномен "хороших" и "плохих" лабораторий
1.1.2. Профессия "ПЦР": врач - лабораторный генетик, врач клинической лабораторной диагностики или биолог?
1.1.3. Распространенность ошибок в реальной практике
1.1.4. Почему только real-time ПЦР?
1.1.5. Границы компетенции
1.2. Общая часть теории ошибок
1.2.1. Ошибка и база
1.2.2. Метаморфизм ошибок
1.2.3. Правило остановки работы в лаборатории
1.2.4. Этапы real-time ПЦР
Глава 2. Девиации частоты ложноположительных результатов
2.1. Способы оценки частоты ложноположительных результатов
2.1.1. Специфичность и причины того, почему она бывает меньше 100%
2.1.2. Уровень контаминации
2.1.3. Предсказательная ценность положительного результата
2.2. Контаминация как главная причина ложноположительных результатов: классификация, механизмы реализации и профилактика
2.2.1. Классификация контаминации
2.2.2. Движущие силы и "механика" контаминации
2.2.3. Профилактика контаминации
2.3. Средства визуализации контаминации
2.3.1. Контрольные образцы, не содержащие целевую нуклеиновую кислоту (прямые средства контроля)
2.3.2. Биообразец как маркер контаминации
2.4. Алгоритм визуализации контаминации и расследования ее причин. Тактика персонала по противодействию контаминации
2.4.1. Стартовые условия алгоритма визуализации контаминации
2.4.2. Впервые положительный отрицательный контрольный образец. Разность аналитических серий. "Допустимая" вероятность ложноположительных результатов. Закономерная и случайная контаминация
2.4.3. Что делать, если вы столкнулись с впервые положительным отрицательным контрольным образцом?
2.4.4. Тактика персонала при различных классах масштабности контаминации
2.4.5. Повторно регистрируемая контаминация
2.4.6. "Особые" случаи
Глава 3. Девиации частоты ложноотрицательных результатов
3.1. Классификация отрицательных результатов
3.2. Предел обнаружения, его разновидности и ассоциированные с ним понятия
3.2.1. Аналитическая чувствительность: кризис терминологии, замена понятия на "предел обнаружения"
3.2.2. "Заводской" предел обнаружения
3.2.3. "Заводской" предел обнаружения: внимание, подлог и разночтения!
3.2.4. "Реальный" предел обнаружения. Нарушение воспроизводимости положительного результата при работе с низкими концентрациями аналита
3.3. Классификация ложноотрицательных результатов
3.3.1. Легальные ложноотрицательные результаты
3.3.2. "Прогрессивный" предел обнаружения. Легализованные ложноотрицательные результаты
3.3.3. Контролируемые ложноотрицательные результаты
3.3.4. Бесконтрольные ложноотрицательные результаты
3.4. Предел определения. Форма записи результатов исследования. Способы увеличения предела обнаружения
3.4.1. Предел определения
3.4.2. Форма записи отрицательных и положительных результатов
3.4.3. Способы увеличения предела обнаружения
3.5. Диагностическая чувствительность. Предсказательная ценность отрицательного результата
Глава 4. Отсутствие точности
4.1. Точность количественного результата с позиции лечащего врача
4.2. Точность количественного результата с позиции сотрудников лаборатории: диагностическая и аналитическая ("лабораторная") точность
4.3. Аналитическая точность (правильность и прецизионность)
4.3.1. Правильность
4.3.2. Прецизионность
4.4. Способы расчета концентрации нуклеиновых кислот (real-time ПЦР)
4.4.1. Способы расчета концентрации: ограничения и пути их преодоления
4.4.2. Резюме
4.5. Эффективность амплификации тест-системы
4.5.1. Принцип расчета эффективности амплификации при использовании стандартных образцов
4.5.2. Регрессионный анализ и калибровочный график
4.6. Итоги главы. Неконтролируемые нарушения точности
Глава 5. Артификационные результаты
5.1. Флюоресцентная кривая: общий вид и визуальная оценка
5.1.1. Визуализация начала амплификации: закон тренда
5.1.2. Фоновая фаза флюоресценции (фоновый шум)
5.1.3. Масштабирование увеличением и отсечением
5.1.4. График исходных данных: фоновая фаза, фаза роста и фаза плато. Диспропорция масштабов
5.1.5. Фаза роста: экспоненциальная и линейная порции. Логарифмирование
5.1.6. Экспоненциальная порция фазы роста флюоресценции. Визуальная оценка эффективности амплификации
5.1.7. Поворот и перетаскивание флюоресцентных кривых в "ручном" режиме
5.2. Процессинг первичных данных
5.2.1. Цели, механизм и ошибки линейной аппроксимации. Сглаживание кривой
5.2.2. Построение производных кривых (определение окончания экспоненциальной порции фазы роста)
5.3. Эффективность амплификации и альфа-фактор
5.3.1. Феномен естественной ингибиции амплификации
5.3.2. Феномен патологической ингибиции амплификации
5.3.3. Альфа-фактор
5.4. Нормализация эффективности амплификации и альфа-фактора
5.4.1. Определение эффективности амплификации на основании анализа индивидуальной флюоресцентной кривой
5.4.2. Нормализация альфа-фактора: основополагающий принцип, цели и некоторые ограничения
5.5. Цикл квантификации и его разновидности
5.5.1. Пороговый метод установления цикла квантификации
5.5.2. Метод установления цикла квантификации по максимальному значению второй производной (геометрический метод установления)
5.5.3. Правило разграничения положительных и отрицательных результатов. Ошибки Сt и Cp
Глава 6. Перепутывание образцов и ятрогенные ошибки
6.1. Перепутывание образцов
6.1.1. Идентификация "горячих точек"
6.1.2. Картирование "горячих точек"
6.1.3. Закон перепутывания проб и стратегия борьбы с перепутыванием
6.1.4. Устранение "горячих точек"
6.1.5. Профилактика перепутывания проб
6.1.6. Визуализация перепутывания образцов. Повторное тестирование и дубль
6.2. Ятрогенные ошибки
6.2.1. Теория бета-фактора
6.2.2. Мероприятия по борьбе с ятрогениями
Список литературы